Ключовата разлика между метагеномиката и метатранскриптомиката разчита на типа биомолекули, изследвани във всяка област. Метагеномиката изучава ДНК, нейните последователности и нейното поведение в организмите, докато метатранскриптомиката изучава транскрибираната ДНК, главно последователностите на иРНК и нейното поведение в организмите.
Метагеномиката и метатранскриптомиката са две области, които са спечелили голяма популярност през годините по отношение на микробната общност. Те са важни в здравеопазването, промишлеността и биотехнологиите в селското стопанство. И метагеномиката, и метатранскриптомиката позволяват изучаването на отделни организми в дадена общност и техните функционални роли, които са или полезни, или вредни.
