Ключовата разлика между 1D и 2D гел електрофореза са свойствата, използвани за разделяне на протеини при гел електрофореза. 1D гел електрофорезата разделя протеини само на базата на молекулното тегло, докато 2D гел електрофорезата разделя протеини въз основа на тяхната изоелектрична точка и молекулно тегло.
Разделянето на протеини чрез гел електрофореза е важна техника за характеризиране на протеините. Протеините имат различни свойства; следователно разделянето е по-сложно в сравнение с разделянето на ДНК чрез електрофореза в агарозен гел.
