Ключовата разлика между гел-филтрацията и гел-проникващата хроматография е, че подвижната фаза на гел-филтрационната хроматография е воден разтвор, докато подвижната фаза на гел-проникващата хроматография е органичен разтворител.
Както гел-филтрацията, така и гел-проникващата хроматография попадат в категорията на хроматография за изключване на размера, при която можем да отделим молекулите в разтвор в зависимост от техния размер. Тоест, понякога можем да отделим молекулите според техните молекулни тегла. Обикновено ние използваме тези техники за разделяне на сложни молекули като протеини и в промишлен мащаб, за отделяне на полимерни материали. Основната разлика между гел-филтрацията и гел-проникващата хроматография е в подвижната фаза, която използваме във всяка техника.
