Ключовата разлика между йонната двойка и йонообменната хроматография е, че при йонната двойка хроматография йони в пробата могат да бъдат „сдвоени“и разделени като йонна двойка, докато при йонообменната хроматография йони в пробата могат да бъдат разделени като катиони и аниони отделно.
Хроматографията е важна техника, която води до разделяне на различни компоненти в сместа. Йонната двойка и йонообменната хроматография са аналитични техники, които можем да използваме за разделяне на йони и полярни молекули в смес въз основа на електрическия заряд, който те носят със себе си.