Ключова разлика - Блънт срещу Липна крайна лигация
Рестрикционните ендонуклеази са специфични ензими, които режат двуверижна ДНК (dsDNA). Те също са известни като молекулярни ножици в молекулярната биология. Рестрикционните ензими са способни да разпознават специфични къси последователности на dsDNA, известни като места за разпознаване, и да разцепват фосфодиестерните и водородните връзки, за да отворят двойни вериги. В резултат на разцепването от тези ензими се получават ДНК фрагменти с различни видове краища като лепкави краища и тъпи краища. ДНК лигазата е ензим, използван в молекулярната биология за свързване на две съседни вериги на ДНК чрез образуване на нови връзки. Етапът е известен като лигиране и според вида на лигирания ДНК край, те могат да бъдат посочени като лигиране с тъп край и лигиране на лепкав край. Ключовата разлика между свързването с тъп и лепкав край е, че свързването с тъп край възниква между фрагменти на ДНК, които съдържат два тъпи края, докато свързването на лепкав край възниква между 5 'и 3' надвеси. В сравнение с лигирането с тъп край, лепкавото свързване е по-ефективно и стабилно.
СЪДЪРЖАНИЕ
1. Общ преглед и ключова разлика
2. Какво е свързване с тъп край
3. Какво е свързване с лепкав край
4. Сравнение едно до друго - Blunt vs Sticky End Ligation
5. Резюме
Какво е свързване с тъп край?
Някои рестрикционни ендонуклеази могат да режат ДНК в противоположните основи и да произвеждат тъпи крайни ДНК фрагменти. Тези ензими са известни като резачки с тъп край; те се разцепват право надолу до средата на ограничителното място, без да оставят единични висящи надвиснали основи. Тъпите краища са известни също като ненадвисващи се краища, тъй като нямат 3 'и 5' надвиснали основи в краищата. И двете нишки завършват от базови двойки с тъпи краища. Често срещани ензими за рязане с тъп край са EcoRV HaeIII, AluI и SmaI.
Връзката с тъп край се извършва между два тъпи края. Това не е лигиране на изпъкнали основи. Това лигиране е по-малко ефективно от свързването с лепкав край. Въпреки това, в някои случаи, свързването с тъп край става по-изгодно от свързването с лепкав край, особено при лигиране на PCR продукти. PCR продуктите винаги се произвеждат с тъпи краища. Лигирането с тъп край не изисква допълващи се краища в ДНК за лигирането.
Фигура 01: Тъпо крайно производство от ензима Eco RV
Какво е лигавно свързване?
Някои рестрикционни ендонуклеази са в състояние да режат dsDNA, оставяйки надвиснало парче едноверижна ДНК в края. Тези краища са известни като лепкави или надвиснали краища. Лигирането на лепкав край възниква между два фрагмента на ДНК, които съдържат съвпадащи надвеси, тъй като лепкавите краища са притежавани с несдвоени основи и изискват допълнителни основи, за да образуват връзки. Следователно е необходимо да се използва един и същ рестрикционен ензим и за двата източника на ДНК, за да се получат съответстващите лигиращи фрагменти.
Лигирането на лепкав край е по-ефективно и често е силно желателно в процесите на клониране. Има няколко рестрикционни ензима, които произвеждат лепкави краища. Те са EcoRI, BamHI, HindIII и т.н.
Фигура 02: Производство на лепкав край от ензима Eco RI
Каква е разликата между Blunt и Sticky End Ligation?
Различна статия Средна преди таблица
Блънт срещу Sticky End Ligation |
|
| Между два тъпи крайни ДНК фрагмента се извършва лигиране с тъп край. | Лигирането на лепкав край възниква между два съвпадащи ДНК фрагмента с лепкави краища. |
| Ензими | |
| Фрезите с тъп край произвеждат тъпи краища. | Фрезите с лепкав край произвеждат лепкави или сплотени краища. |
| Изискване за съвпадение на краищата | |
| Не се изискват съвпадащи фрагменти или допълващи основи. | Той изисква допълващи основи в краищата, за да образуват двойки основи. |
| Ефективност | |
| Той е по-малко ефективен от лепкавия краен лигиране | Той е по-ефективен от лигирането с тъп край. |
Резюме - Blunt срещу Sticky End Ligation
Рестрикционните ендонуклеази са способни да разцепват dsDNA и да произвеждат ДНК фрагменти с различни краища. Те разпознават специфични последователности и ограничават ДНК, създавайки лепкави и тъпи краища. Прилепващите краища имат несдвоени основи в края на фрагментите. Тъпите краища се създават поради прав деколте и те имат базови двойки в краищата. Лигирането на лепкав край изисква две допълващи се едноверижни парчета ДНК. Връзка с тъп край възниква между всеки два тъпи крайни фрагмента. Това е разликата между тъп и лепкав лигиране.
