Ключовата разлика между мезодерма и мезенхима е, че мезодермата е един от трите зародишни слоя на двустранно симетрични животни, докато мезенхимът е недиференцирана тъкан, открита в ембрионалната истинска мезодерма.
При диплобластните животни планът на тялото е относително прост с два слоя клетки. Двата слоя са външната ектодерма и вътрешната ендодерма. Ектодермните клетки са обърнати към околната среда, а ендодермните клетки са насочени към ентерона, който представлява кухина с един отвор навън. Отворът е устата. Нещо повече, триплобластното състояние е състоянието, при което в ембриона се развива трети слой, известен като мезодерма. Мезодермата се намира между ектодермата и ендодермата, разделяйки двата слоя клетки. Третият слой е важен за тялото. При някои животни голяма част от мезодермата остава недиференцирана и образува опаковъчна тъкан, известна като мезенхима, която поддържа и защитава органите на тялото.
