Ключовата разлика между първата и втората система за съобщения е, че първата система за съобщения се отнася до извънклетъчните сигнални молекули, докато втората система за съобщения се отнася до вътреклетъчните сигнални молекули.
Първата и втората информационни системи се състоят от различни видове сигнални молекули. Първите посланици са извънклетъчните молекули, често хормони или невротрансмитери. За разлика от това, вторите пратеници са вътреклетъчни молекули, които предават сигнали от рецепторите на клетъчната мембрана към цели в клетката. Процесът на сигнализиране на клетките започва, когато сигналната молекула (лиганд) се свързва с рецептора на клетката. Това свързване променя вътреклетъчния домейн на рецептора, който задейства вътреклетъчни сигнални пътища.
