Ключовата разлика между HPLC с обратна фаза и нормална фаза е, че HPLC с обратна фаза използва неполярна стационарна фаза и полярна подвижна фаза, докато HPLC с нормална фаза използва полярна неподвижна фаза и по-малко полярна подвижна фаза.
HPLC с нормална фаза е най-старата техника на HPLC, която Tswett използва при отделянето на растителни екстракти; той използва креда в стъклена колона. Това беше класическият начин на хроматография, който доведе до назоваването му като „нормална“техника. Обратно-фазовата HPLC, от друга страна, е обратното на нормалната техника, която учените разработиха напоследък.
