Ключовата разлика между молекулярната орбитална теория и теорията на валентните връзки е, че теорията на молекулярната орбитала описва молекулярната орбитална формация, докато теорията на валентната връзка описва атомните орбитали.
Различните молекули имат различни химични и физични свойства от отделните атоми, които са се присъединили към тези молекули. За да се разберат тези разлики между атомните и молекулните свойства, е необходимо да се разбере образуването на химическа връзка между няколко атома, за да се получи молекула. Понастоящем използваме две квантовомеханични теории, за да опишем ковалентната връзка и електронната структура на молекулите. Това са теория на валентната връзка и теория на молекулярната орбита.
