Ключовата разлика между теорията на молекулярната орбитала и теорията на хибридизацията е, че теорията на молекулярната орбитала описва образуването на свързващи и антисвързващи орбитали, докато теорията на хибридизацията описва образуването на хибридни орбитали.
Съществуват различни теории, разработени за определяне на електронната и орбиталната структура на молекулите. Теорията на VSEPR, теорията на Луис, теорията на валентните връзки, теорията на хибридизацията и теорията на молекулярната орбитала са толкова важни теории. Най-приемливата теория сред тях е молекулярната орбитална теория.
