Ключовата разлика между гена и алела е, че генът е специфична нуклеотидна последователност, която кодира за специфичен протеин, докато алелът е вариант на ген или доминиращ, или рецесивен вариант.
Генът е основната единица за наследственост. По-конкретно, той има точна нуклеотидна последователност, която кодира специфична протеинова молекула, което дава определена черта. Гените преминават от родители към потомство. Следователно генетичната информация, необходима за цялостното функциониране на организма, се съхранява под формата на гени. Освен това една хромозома има много гени. Следователно, определен ген има специфично местоположение в хромозомата, което ние наричаме локус. Обикновено генът има две алтернативни форми, наречени алели. С прости думи, алелите са вариантите на гените или доминиращ вариант, или рецесивен вариант. Те са разположени на същото ниво като сестринските хроматиди на хромозомата.
