Ключовата разлика между алела и генотипа е, че алелът е една от вариантните форми на ген, разположен в същия генетичен локус на хромозома, докато генотипът е генетичната конституция на определена черта.
Генетиката е изследване на гени и наследствени модели в организмите. Хромозомите са структурите, които съдържат генетичната информация на организма. Следователно при еукариотите в генома има определен брой хромозоми. Всяка хромозома има хиляди гени, които са специфични региони на хромозомите. Всъщност гените са структурни единици в генетиката, които съхраняват генетична информация за производство на протеини. Всеки ген има две копия, произлизащи от всеки родител.
По същия начин алелът е вариант на ген или форма на ген. Освен това всеки ген има две форми на алели, които определят характеристиката, кодирана от гена. Следователно, генотипът е генетичният състав на организма, който се определя от разпределението на алелите в различни гени.
