Най- основната разлика между стерилизация и дезинфекция е, че стерилизацията е процес на умъртвяване на всички форми на микробен живот, включително настоящето на спори в обект, докато дезинфекция е процес на намаляване или премахване на вредни микроорганизми от неодушевени предмети и повърхности.
Микроорганизмите са повсеместни. Тъй като те причиняват замърсяване, инфекция и гниене, става необходимо да ги премахнете или унищожите от материали или зони чрез обеззаразяване. Стерилизацията и дезинфекцията са два начина на обеззаразяване. Дезинфекцията има за цел да убие микробите до ниво, което инфекцията не предава, но не е задължително да унищожи всички микроорганизми, присъстващи в неживия обект. Стерилизацията обаче е процес на обеззаразяване, при който всички микроорганизми, присъстващи в даден обект, унищожават и следователно обектът става стерилен. Следователно процесът на стерилизация убива спорите, включително ендоспорите на бактериите. Накратко,можем да кажем, че стерилизацията убива всички микроорганизми, присъстващи в обект или място, докато дезинфекцията само намалява броя на вредните микроорганизми, за да предотврати предаването.