Ключовата разлика между ДНК и хромозомата е организацията на тяхната структура. ДНК е двуверижен навит полимер, съставен от дезоксирибонуклеотиди, докато хромозомата е нишковидна структура, съставена от ДНК молекули, плътно навити с хистонови протеини.
ДНК и хромозомите са две различни нива на структурни организации на генетичния материал. ДНК е по-проста структура, съставена от двойна спирала от нуклеотиди. За разлика от тях, хромозомите са сложна, организирана структура, съставена от протеин и ДНК, сгънати по специфичен начин. Въпреки че ДНК и хромозомата се различават помежду си в организацията на структурите, и двете играят важна роля при определяне на физическите и функционалните свойства на организма въз основа на наследствения съхраняван материал.