Ключовата разлика между изолирането на геномна ДНК и плазмидната ДНК е, че изолирането на геномна ДНК е насочено към екстракцията на геномна ДНК, докато изолирането на плазмидната ДНК е насочена към екстракцията на плазмидна ДНК на бактериите.
Изолирането на ДНК е химичен процес, който се използва за изолиране на ДНК от различни видове или от различни проби. Изолирането на ДНК е важно в техниките за молекулярна биология надолу по веригата, като гел електрофореза, полимеразна верижна реакция и техники за секвениране на ДНК. Следователно изолирането на ДНК е съществен химичен процес при молекулярно-биологичните изследвания. Въз основа на целта на изследването, понякога е необходимо да се изолира геномна ДНК. В допълнение, някои изследвания се фокусират върху изолирането на плазмидна ДНК от бактерии. Изолирането на геномна ДНК е процес на изолиране на геномна ДНК от прокариотна или еукариотна проба. Етапите на изолиране се различават в зависимост от вида на клетката, в която се изолира ДНК. Изолирането на плазмидна ДНК е процес на изолиране на плазмидна ДНК от бактериална клетка. В сравнение с изолирането на геномна ДНК,цялостният процес е сложен при изолиране на плазмидна ДНК.