Ключовата разлика между митохондриалната ДНК и хлоропластната ДНК е, че митохондриалната ДНК присъства вътре в митохондриите на еукариотните клетки, докато хлоропластната ДНК присъства вътре в хлоропластите на растителните клетки.
Митохондриите и хлоропластите са две важни мембранно свързани органели в еукариотните клетки. Митохондриите са двигателите на клетките. От друга страна, хлоропластите са местата на фотосинтеза в растенията. Смята се, че и митохондриите, и хлоропластите произхождат от прокариотни клетки до еукариотни клетки чрез ендосимбиоза. Тези две органели съдържат собствена ДНК. Въпреки че тази ДНК не е ядрена ДНК на клетка и не е важна за функционирането на клетката, тя е важна за някои от техните собствени свойства на органела на клетката.
