Ключовата разлика между митохондриите и кинетопластите е, че митохондриите са еукариотни клетъчни органели, които произвеждат енергия (АТФ). Междувременно кинетопластът е мрежа от кръгови ДНК, присъстващи в голям митохондрий, по-специално в протозои от клас Kinetoplastea.
Еукариотните клетки имат различни видове клетъчни органели. Тези различни органели изпълняват различни функции в живата клетка. От тях митохондриите са една от свързаните с мембраната органели, наблюдавани в еукариотна клетка. Те са органелите, които са отговорни за производството на енергия (под формата на АТФ) в клетките. Следователно те се считат за електростанции на клетката. Митохондриите имат свой собствен геном, който представлява кръгова ДНК, наследена по майчина линия. Кинетопласт е мрежа от кръгови ДНК, наблюдавани в голямата митохондрия на организмите, принадлежащи към клас Кинетопластида. Следователно кинетопластите се наблюдават само в този еукариотен поддомен.
