Ключовата разлика между Голджи телата и митохондриите е във функцията, която те изпълняват. Основната функция на телата на Голджи (или апарат на Голджи) е модифицирането, сортирането и опаковането на протеини за секреция, докато основната функция на митохондриите е производството на енергийна валута на клетката (АТФ) чрез дишане.
Еукариотните клетки съдържат клетъчни органели като тела на Голджи, митохондрии, лизозоми, рибозоми, ядро и др. Това са жизненоважни органели, необходими за клетъчните функции. Телата на Голджи са част от ендомембранната система, която се състои от везикули и сгънати мембрани, докато Митохондриите са двойно свързани с мембрана зърновидни органели, открити в еукариотни клетки.