Ключовата разлика между плазмида и хромозомата е, че плазмидът е кръгла двуверижна екстрахромозомна ДНК структура на бактериите, докато хромозомата е добре организирана нишковидна структура, която съдържа геномна ДНК, плътно навита с протеини.
Бактериалната клетка съдържа хромозома и няколко екстрахромозомни ДНК кръга, наречени плазмиди. Бактериалната хромозома съдържа геномната ДНК на бактериите. Освен това, еукариотната геномна ДНК също съществува като хромозоми. Човешкият геном има 46 хромозоми. Обикновено плазмидите присъстват в бактериите и археите. Въпреки че бактериите имат плазмиди, плазмидите не съдържат гените, които са от съществено значение за оцеляването на бактериите и техните основни функции. Плазмидите обаче съдържат няколко гена, които осигуряват допълнителни предимства на бактериите като устойчивост на антибиотици, устойчивост на суша, устойчивост на хербициди и др. Целта на тази статия е да се обсъди подробно разликата между плазмид и хромозома.