Ключовата разлика между прокариотната и еукариотната ДНК е, че прокариотната ДНК свободно плава в цитоплазмата, докато еукариотната ДНК се намира вътре в ядрото.
Има две основни категории живи организми като прокариоти и еукариоти. Те се различават един от друг по своята клетъчна организация. Съответно прокариотите имат проста клетъчна организация. Липсват им ядро и мембранно свързани органели. От друга страна, еукариотите имат сложна клетъчна организация. Те имат истинско ядро, което съдържа ДНК, а също и мембранно свързани клетъчни органели. Всички прокариоти са едноклетъчни, докато еукариотите могат да бъдат едноклетъчни или многоклетъчни организми. Прокариотите и еукариотите съдържат предимно ДНК геноми. Тяхната ДНК е опакована в хромозоми. Тъй като прокариотите нямат ядро, тяхната ДНК свободно плава в цитоплазмата. При еукариотите обаче хромозомите се разполагат вътре в ядрото. Следователно ядрената мембрана затваря цялата еукариотна ДНК.
