Ключовата разлика между интрони и екзони е, че интроните са некодиращи последователности на гена, докато екзоните са кодиращи последователности. Следователно интроните не се появяват в зрелите молекули на иРНК, докато екзоните колективно правят крайната молекула на РНК.
Интроните и екзоните са често използвани термини в областта на молекулярната биология, но когато някой започне да се запознава с тези термини, би възникнало объркване, тъй като и двете са нуклеотидни последователности на гени.