Основната разлика между генокопията и фенокопията е, че при генокопиите фенотипите показват сходство и генотипът се променя, докато при фенокопията фенотипите варират и генотипът остава непроменен.
Несъответствието между генокопията и фенокопията е свързано с обяснението на редките прояви на генетиката. Двете концепции демонстрират как традиционната генетика или менделската генетика могат да варират в зависимост от изключенията в природата. Генокопията се отнася до явлението даване на подобен фенотип, въпреки че има различен генотип. За разлика от това, фенокопията се отнася до феномена с различни фенотипове, въпреки че генотипът остава непроменен.
