Ключовата разлика между UTR и интрон е, че UTR е некодираща нуклеотидна последователност, която е включена в зрялата иРНК последователност, докато интронът е последователност, която не е включена в зрялата иРНК молекула.
UTR или нетранслиран регион е некодираща последователност, която се намира в иРНК молекулата. Във всяка страна на иРНК последователността можем да видим по един UTR. Следователно има две UTR като 5'UTR и 3'UTR. За разлика от това, интронът е некодираща последователност, която се намира между екзоните на гена. Интроните се снаждат, когато се прави мРНК. Следователно интроните не се виждат в иРНК последователността. Въпреки това, както UTR, така и интронът са важни елементи на еукариотните геноми.
