Ключовата разлика между специфичността на субстрата и специфичността на връзката е, че специфичността на субстрата е способността на ензима да избере точния субстрат, с който може да се свърже от група подобни съединения, докато специфичността на връзката е способността на ензима да избира субстрати със сходни връзки и подобни структури.
Термините субстратна специфичност и специфичност на връзката попадат в областта на биохимията по отношение на активността на ензимите. Можем да определим ензима като биологичен катализатор. Това означава, че ензимите са съединения, които могат да повишат скоростта на биологичните функции, които се извършват в клетките, но те не се консумират по време на функцията. Терминът специфичност се отнася до начина, по който определен ензим се свързва с определен субстрат.