Ключовата разлика между бактериалните ендоспори и гъбичните спори е клетъчната организация на двата вида спори. Бактериалните ендоспори са спящи структури, присъстващи в прокариотните бактерии. Гъбичните спори са репродуктивни структури, присъстващи в еукариотните гъби.
Бактериалните ендоспори присъстват в бактериалните клетки и са спящи структури, които могат да оцелеят в тежките условия на околната среда. Следователно тези ендоспори покълват, когато се изпълнят подходящите условия на околната среда. За разлика от тях гъбичните спори са екзоспори, които се отделят навън за спороношение.
