Ключовата разлика между алфа и бета хидрокси киселини е, че алфа хидрокси киселината (AHA) има карбоксилна киселинна група и хидроксилна група, разделени от един въглероден атом, докато бета хидрокси киселината (BHA) съдържа карбоксилна киселинна група и хидроксилна група, разделени от два въглеродни атома.
Хидрокси киселините са органични съединения, имащи както карбоксилна киселинна група, така и хидроксилна група в същата молекула. Въглеродните атоми, към които са свързани тези функционални групи, са в непосредствена близост. Следователно можем да ги наречем алфа, бета или гама, според броя на въглеродните атоми, които разделят тези функционални групи. Нека обсъдим повече подробности в текста по-долу.