Ключовата разлика между цизгенезата и интрагенезата е, че в цизгенезата гените се въвеждат, без да се правят промени в ДНК последователността, а гените имат свой собствен промотор, интрони и терминаторни последователности, докато в интрагенезата гените могат да бъдат проектирани с помощта на генетични елементи от други растения със същия сексуално съвместим генофонд.
Трансгенезата е генетична модификация в растение реципиент с гени от всеки нерастителен организъм или от донорно растение, което е сексуално несъвместимо с растението реципиент. Цисгенезата и интрагенезата са две алтернативни концепции на трансгенезата. И двете се провеждат между кръстосани видове. Цисгенезата се отнася до генетичната модификация на растение реципиент с естествен ген от сексуално съвместимо растение. Интрагенезата, от друга страна, позволява използването на нови генни комбинации, създадени чрез in vitro пренареждане на функционални генетични елементи. И двете концепции обаче се основават на използването на гени от един и същи вид или тясно свързани видове, които са сексуално съвместими. Следователно интрагенезата и цизгенезата са идентични с генофонда, наличен за конвенционалното развъждане.
