Ключовата разлика между алфа и бета спиралата разчита на вида водородна връзка, която те образуват при разработването на тези структури. Алфа спиралите образуват вътрешномолекулни водородни връзки, докато бета спиралите образуват междумолекулни водородни връзки.
Сложните протеини имат четири структурни организационни нива - първично, вторично, третично и кватернерно. Вторичните структури на протеините образуват пептидните вериги в различна ориентация. Пептидните вериги се състоят от аминокиселинни последователности, свързани с пептидни връзки. Следователно има две основни вторични структури в протеините като алфа спирала и бета спирала. В допълнение има и други вторични структури, наречени бета завой и структури за фиби. Основно тази статия се фокусира върху разликата между алфа и бета спирала.
