Ключовата разлика между трансгенните и нокаутиращите мишки е, че трансгенните мишки имат чужди гени, вмъкнати в генома му, докато нокаутиращите мишки имат функционално инактивиран ген от интерес.
Генетичното инженерство е областта на генетиката, в която генетичният състав на организма се модифицира или манипулира чрез рекомбинантна ДНК технология. Трансгенните организми се получават чрез въвеждане на чужди гени (трансгени) в организми, използващи биотехнологии. Наричат ги още генетично модифицирани организми. Трансгенните организми са ценни инструменти за изследване. Те са важни при изследването на генната функция и при генната терапия и селското стопанство. Мишките се използват като лабораторни животински модели, тъй като те са по-тясно свързани с хората. Трансгенните мишки и нокаутиращите мишки са два вида генетично модифицирани животни. При трансгенни мишки ДНК на гостоприемника в локус се заменя с различна версия на същия ген или напълно различен ген. При нокаутиращите мишки гена гостоприемник просто се изтрива или функционално инактивира.
