Ключовата разлика между комплементарните и допълнителните гени е, че комплементарните гени изискват присъствието на всеки ген при изразяване на характеристиката, докато само един ген от двата допълнителни гена изисква присъствието на другия ген, когато изразява характеристиката.
Гените взаимодействат помежду си, когато произвеждат черта в индивида. Тези взаимодействия са сложни и се нуждаят от задълбочен анализ, за да се разбере как работят заедно и как присъствието на гените влияе върху изразяването на чертите. Допълнителните и допълнителните гени са два такива вида гени, които взаимодействат помежду си, когато произвеждат черта. Те показват епистатични генни взаимодействия, което означава, че ефектът на единия ген зависи от присъствието на другия ген.