Ключовата разлика между котранспорта и контратранспорта е, че котранспортът е форма на вторичен активен транспорт, който транспортира два вида молекули едновременно през плазмената мембрана в една и съща посока или в обратна посока. От друга страна, контратранспортът е една от двете форми на котранспорт, който транспортира два вида молекули едновременно в противоположна посока една към друга през клетъчната мембрана.
Молекулите влизат и излизат през селективната плазмена мембрана на клетката. Има няколко вида мембранни транспортни протеини. Cotransport и countertransport са два вида вторичен активен транспорт. Котранспортът транспортира два различни типа молекули едновременно с едно свързано движение, докато контратранспортът или обменът е вид котранспорт, който транспортира два типа молекули в обратна посока през мембраната.
