Ключовата разлика между амплификацията на гена и клонирането на гени е, че генната амплификация е процесът на създаване на много копия на гена, който представлява интерес in vitro чрез полимеразна верижна реакция. Но генното клониране е процес на създаване на много копия на гена, който представлява интерес in vivo, чрез създаване на рекомбинантен плазмид и трансформирането му в бактерия гостоприемник.
Генът е специфичен фрагмент от ДНК, който кодира протеин. Един организъм притежава хиляди гени. Освен това е възможно да се умножат ДНК последователностите на важни гени, като се използват молекулярно-биологични техники. Амплификацията на гени и клонирането на гени са две такива процедури. И двете процедури създават много копия на ген, който представлява интерес. Съществува обаче разлика между амплификацията на гените и клонирането на гени по отношение на тяхната методология.
