Ключовата разлика между генотоксичността и мутагенността е, че генотоксичността е способността на веществото да причинява токсичност върху ДНК / генетичния материал на клетката, докато мутагенността е способността на агента да причинява мутации.
Генотоксичността и мутагенността са два подобни термина, често тълкувани погрешно и взаимозаменяемо от хората. Генотоксичността е токсичният ефект, създаден от химикал или агент върху гени или ДНК на клетка. По този начин химикал, който има генотоксичен ефект, е генотоксин. За разлика от него, мутагенността е способността на веществото да причинява или индуцира мутации. Генотоксичният химикал не е непременно мутагенно вещество. Те може да са мутагени. Всички мутагенни агенти обаче са генотоксични, тъй като имат свойството да разрушават генетичния материал на клетката.