Ключовата разлика между молекулата и атома е, че молекулата е комбинация от два или повече атома чрез химическа връзка, докато атомът е отделен химичен вид, който може да се комбинира помежду си, за да образува молекули и йони.
Цялата материя в света се състои от атоми и молекули, поради което можем да ги разглеждаме като градивните елементи на всичко на тази планета, включително и нас. От гледна точка на неспециалистите можем да кажем, че най-основната, а също и най-малката единица на всеки химичен елемент е атомът. Химичният елемент е вид атоми. Например, най-малката единица кислороден газ е атомът на кислорода; можем да го представим с буква О. Този кислороден атом обаче не съществува независимо и едва когато се комбинира химически с друг кислороден атом, той става стабилен. След това се превръща в молекула и можем да я представим с химическата формула O 2.
