Ключовата разлика между HPLC и GC е, че HPLC използва твърда стационарна фаза и течна подвижна фаза, докато GC използва течна стационарна фаза и газообразна подвижна фаза.
HPLC и GC са и двата метода за разделяне на съединенията от смес. Докато HPLC се отнася до течна хроматография под високо налягане, GC е просто газова хроматография. По този начин HPLC се прилага за съставки, които са течности, но GC е полезен, когато съединенията са газообразни или съединенията, които се подлагат на изпаряване по време на процеса на разделяне. И двете обаче имат един и същ основен принцип на тежките молекули да текат по-бавно от по-леките.
