Ключовата разлика между естер и етер е, че функционалната група на естер е –COO, докато функционалната група на етер е –O-.
Естерът и етерът са органични молекули с кислородни атоми. Естерите имат групата -COO. Тук единият кислороден атом е свързан с въглерод с двойна връзка, а другият кислород е свързан с единична връзка. Тъй като само три атома се свързват с въглеродния атом, той има тригонална равнинна геометрия около себе си. Освен това въглеродният атом е sp 2 хибридизиран. Освен това естерът е производно на карбоксилната киселина. Етерът, от друга страна, има кислороден атом с две единични връзки с две алкилови или арилни групи. Кислородният атом също има две самотни електронни двойки.
