Ключовата разлика между ябълчната киселина и малеиновата киселина е, че ябълчната киселина е наситена дикарбоксилна киселина, докато малеиновата киселина е ненаситена дикарбоксилна киселина.
Ябълчната киселина и малеиновата киселина са дикарбоксилни киселини. Това означава, че тези съединения съдържат две карбоксилни групи (-COOH) в една и съща молекула, прикрепени към два различни въглеродни атома. Разликата между ябълчена киселина и малеинова киселина се крие в наситеността (наличието на двойни или тройни връзки означава ненаситеност). Тъй като малеиновата киселина има двойна връзка между два въглеродни атома, тя е ненаситено съединение. Но няма двойни или тройни връзки между въглеродните атоми на ябълчената киселина.