Ключовата разлика между линейните и ротационните молекулярни двигатели е главно въз основа на движението на комплексите, които образуват двигателния протеин. Докато линейните молекулярни двигатели показват еднопосочно линейно движение сред комплексите, ротационните молекулярни двигатели показват въртеливи движения около различни комплекси, образуващи молекулярния двигател.
Молекулярните двигатели са важни биомолекули, които участват в много реакции, особено свързани с генерирането на енергия по отношение на аденозин трифосфат (АТФ). Те играят ключова роля в движението или механичната работа. Моторните протеини използват свободна енергия от АТФ или нуклеотидна трифосфатна хидролиза, за да произведат механична сила. Има два вида молекулярни двигатели като линейни молекулярни двигатели и ротационни молекулярни двигатели. Те представляват два режима на работа на двигателя.
