Ключовата разлика между стартовия кодон и стоп кодона е, че стартовият кодон е тринуклеотидната последователност, която маркира началото на последователността, която се превръща в протеин, докато стоп кодонът е тринуклеотидната последователност, която маркира края на последователността, която се превръща в протеин.
Генетичният код на гена съдържа инструкциите, необходими за получаването на специфичен протеин. Той съдържа тринуклеотидни последователности, които са известни като кодони. Всеки кодон посочва аминокиселина. Аминокиселините са градивните елементи на протеина. Генетичният код на всеки ген започва със стартов кодон и завършва със стоп кодон. Следователно стартовият кодон маркира мястото, на което започва транслацията в протеин. Stop codon, от друга страна, маркира мястото, на което завършва транслацията в протеин. Следователно можем да идентифицираме тези два кодона като две препинателни знаци в генетичния код. И двете са специфични тринуклеотидни последователности.
