Ключова разлика - RAPD срещу RFLP
Генетичните маркери се използват в молекулярната биология за идентифициране на генетични вариации между индивиди и видове. Случайната амплифицирана полиморфна ДНК (RAPD) и полиморфизмът с дължина на рестрикционния фрагмент (RFLP) са два важни молекулярни маркера, рутинно използвани в лаборатории. RAPD се извършва с кратки и произволни олигонуклеотидни праймери и се основава на случайно усилване на множеството места в ДНК-матрицата на организма. RFLP се извършва със специфична рестрикционна ендонуклеаза и се основава на полиморфизма на получените рестрикционни фрагменти и хибридизацията. Ключовата разлика между RAPL и RFLP е, че RAPD е вид PCR техника, извършена без предварително познаване на последователността, докато RFLP не участва в PCR и изисква предварителни познания за последователност, за да се извърши техниката.
СЪДЪРЖАНИЕ
1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е RAPD
3. Какво е RFLP
4. Равно до сравнение - RAPD срещу RFLP
5. Резюме
Какво е RAPD?
RAPD е полезен молекулярен маркер в молекулярната биология. Това е бърза и лесна техника. RAPD може да бъде дефиниран като метод, който води до полиморфни ДНК последователности в резултат на произволно усилване на множество местоположения на целевия ДНК шаблон. RAPD използва кратки олигонуклеотидни праймери с произволни последователности за PCR амплификация. Грундовете се изкуствено синтезират без предварително знание за последователността. Следователно тя се счита за лесна и полезна техника.
Следните основни стъпки са включени в RAPD.
- Екстракция на целевата ДНК
- Усилване на множествените местоположения на целевата ДНК с помощта на произволно избрани праймери
- Гел електрофореза на амплифицираните PCR продукти
- Оцветяване с етидиев бромид и идентифициране на полиморфизма
В резултат на вариацията в отгряването на грунда, по време на усилването се генерират различни фрагменти с различна дължина. Следователно моделите на лентообразуване върху геловете са различни при индивидите и видовете. По този начин RAPD дава възможност за откриване на генетични вариации между организмите при идентификация и диференциация.
RAPD се прилага в различни изследвания на молекулярната биология, като например идентифициране на генетичната разлика между тясно свързани видове, гениране на карти, ДНК пръстови отпечатъци, идентифициране на наследствени заболявания и др.
Фигура 01: RAPD
Какво е RFLP?
Полиморфизми с дължина на рестрикционните фрагменти (RFLPs) е молекулярен маркер, използван в молекулярната биология за идентифициране на генетични вариации в хомоложни ДНК последователности. Това е първият генетичен маркер, разработен за ДНК пръстови отпечатъци. Всички организми произвеждат уникални ДНК профили, когато са ограничени със специфични рестрикционни ензими. RFLP служи като важен инструмент за създаване на уникални ДНК профили на индивиди и откриване на генетични вариации сред тях. Когато ДНК пробите се усвояват със специфични рестрикционни ендонуклеази, това дава различни ДНК профили, които са уникални за всеки индивид. Следователно, принципът на този метод е откриването на генетични вариации между организмите чрез ограничаване на хомоложна ДНК със специфични рестрикционни ензими и анализ на полиморфизма на дължината на фрагмента чрез гел електрофореза и блотиране. Схемите за пеене са уникални за всеки организъм и характеризират специфичните генотипове.
Следните стъпки са свързани с RFLP.
- Изолиране на достатъчно количество ДНК от проби
- Фрагментиране на ДНК пробите със специфични рестрикционни ендонуклеази в кратка последователност
- Разделяне на получените фрагменти с различна дължина чрез електрофореза в агарозен гел.
- Прехвърляне на гел-профила в мембрана чрез Southern blot
- Хибридизация на мембраната с маркирани сонди и анализ на полиморфизма на дължината на фрагмента във всеки профил
RFLP има различни приложения като диагностика на наследствени заболявания, картографиране на генома, криминална идентификация при криминалистични изследвания, тестване на бащинство и др.
Фигура 02: Генотипиране на RFLP
Каква е разликата между RAPD и RFLP?
Различна статия Средна преди таблица
RAPD срещу RFLP |
|
| RAPD е молекулярен маркер, базиран на произволни праймери и PCR. | RFLP е молекулярен маркер, основан на производството на фрагменти с ограничение с различна дължина. |
| Задължителна проба | |
| Малки ДНК проби са достатъчни за RAPD анализа. | За анализ на RFLP е необходимо голямо количество извлечена ДНК проба. |
| Време | |
| RAPD е бърз процес. | RFLP е трудоемък процес. |
| Използване на грунд | |
| Използват се произволни грундове и едни и същи грундове могат да се използват за различни видове. | В RFLP за хибридизация се използват специфични за вида сонди. |
| Надеждност | |
| Надеждността на техниката е по-малка в сравнение с RFLP. | RFLP е надеждна техника. |
| Пълнене | |
| RAPD включва южно попиване. | Ютерното попиване е една стъпка от RFLP. |
| Откриване на алелни вариации | |
| Алелни вариации не могат да бъдат открити от RAPD. | Алелни вариации могат да бъдат открити от RFLP. |
| Нужда от знания за последователност | |
| RAPD не изисква предварително познаване на последователността. | За проектирането на сондата са необходими предварителни познания за последователността. |
| PCR | |
| PCR участва с RAPD | PCR не е свързан с RFLP. |
| Възпроизводимост | |
| RAPD има ниска възпроизводимост | RFLP има висока възпроизводимост в сравнение с RAPD. |
Резюме - RAPD срещу RFLP
RAPD и RFLP са важни маркери, използвани в молекулярната биология. И двата метода са способни да открият генетични вариации между организмите. RAPD се извършва с помощта на произволни грундове. RFLP се извършва с помощта на специфични рестрикционни ензими. И двата метода създават ДНК профили, уникални за отделните организми. RAPD включва сравнително малко стъпки от RFLP. Но той дава по-малко надеждни и възпроизводими резултати от RFLP. Това е основната разлика между RAPD и RFLP.
