Основна разлика - AFLP срещу RFLP
ДНК изследванията имат огромно значение за разбирането и определянето на филогенетичните взаимоотношения, диагностицирането на генетични заболявания и картографирането на геномите на организма. Няколко техники, свързани с ДНК анализ, също се използват за идентифициране на определен ген или ДНК последователност в група неизвестни ДНК. Те са известни като молекулярни маркери. Полиморфизмът на усилената дължина на фрагмента (AFLP) и полиморфизмът на дължината на фрагмента на ограничението (RFLP) са два такива молекулярни маркера (методи), разработени в молекулярната биология за откриване на генетични вариации между организмите. И двата метода са еднакво важни и имат предимства и недостатъци. Ключовата разлика между AFLP и RFLP е, че AFLP включва селективно PCR усилване на усвоената ДНК, докато RFLP не включва селективно PCR усилване на ДНК фрагментите.
СЪДЪРЖАНИЕ
1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е AFLP
3. Какво е RFLP
4. Равно до сравнение - AFLP срещу RFLP
5. Резюме
Какво е AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) е важен инструмент в молекулярната биология и се използва широко в анализа на генетичните вариации. AFLP се основава на специфичното PCR усилване на фрагментираната геномна ДНК и откриване на полиморфизма чрез авторадиографии чрез гел електрофореза. AFLP допринася широко за идентифициране на генетични различия в щамове или тясно свързани видове от различни царства, включително растения, животни, бактерии и гъби. AFLP може да се извърши с малки количества неизвестни ДНК проби. Той не изисква предварително познаване на последователността и проектиране на сонди.
Стъпки на AFLP
- Изолиране на ДНК
- Разграждане на ДНК с рестрикционни ендонуклеази
- Лигиране на ограничените ДНК фрагменти с адаптери
- Селективно усилване на фрагментите със специфични рестрикционни места
- Разделяне на PCR продуктите чрез гел електрофореза
- Визуализация на гел матрицата чрез авторадиограф
AFLP е по-чувствителен и възпроизводим метод, който може да се използва при ДНК профилиране на няколко таксона, включително гъби, бактерии, растения и животни, без предварително знание за ДНК последователностите. Помага при идентифицирането на леки разлики между индивидите в популациите поради силно чувствителния си характер. AFLP е важен и при картографиране на геноми, криминалистични изследвания, родителски тестове, генотипиране и др.
Фигура 01: AFLP
Какво е RFLP?
Полиморфизмите с дължина на рестрикционните фрагменти (RFLP) са техника, която се използва за откриване на генетичните вариации в хомоложни ДНК последователности. Това е първият метод, разработен за профилиране на ДНК. Организмите имат уникални ДНК пръстови отпечатъци или ДНК профили. RFLP служи като важен инструмент за анализ на вариацията между ДНК профилите на интраспецифични или тясно свързани организми, тъй като хомоложните последователности имат различни места на рестрикция (местоположения), които са уникални за определен организъм. Когато хомоложната ДНК се смила със специфични рестрикционни ендонуклеази, това ще доведе до различни ДНК профили, които са уникални за всеки индивид. Следователно,принципът на този метод е откриването на генетични вариации между организмите чрез ограничаване на хомоложна ДНК със специфични рестрикционни ензими и анализ на полиморфизма на дължината на фрагмента чрез гел електрофореза и блотиране. Схемите за пеене са уникални за всеки организъм и характеризират специфичните генотипове.
Стъпки на RFLP
- Изолиране на достатъчно количество ДНК от проби
- Фрагментиране на ДНК пробите със специфични рестрикционни ендонуклеази в кратка последователност
- Разделяне на получените фрагменти с различна дължина чрез електрофореза в агарозен гел.
- Прехвърляне на гел-профила в мембрана чрез Southern blot
- Хибридизация на мембраната с маркирани сонди и анализ на полиморфизма на дължината на фрагмента във всеки профил
RFLP е много важна техника за откриване на наследяване на болестта и намиране на риска от възникване на болестта сред членовете на семейството. RFLP също често се използва при картографиране на геноми, идентифициране на престъпници в криминалистиката, тестване на бащинство и др. RFLP също има няколко ограничения. RFLP изисква предварително познаване на данните за последователността, за да проектира сонди за хибридизация. Той също така изисква изолиране на достатъчно количество ДНК от пробата за анализ, което е трудно при криминалистичните изследвания.
Фигура 01: RRFLP картографиране
Каква е разликата между AFLP и RFLP?
Различна статия Средна преди таблица
ALFP срещу RFLP |
|
| AFLP включва селективно PCR усилване на усвоената ДНК. | RFLP не включва PCR, освен ако не е PCR-RFLP. |
| Познаване на последователността | |
| Предварителни познания за последователността не се изискват. | За проектирането на RFLP сонди се изискват предварителни познания за последователността. |
| Надеждност | |
| Това е по-надеждно. | Това е по-малко надеждно в сравнение с AFLP. |
| Ефективност при откриване на полиморфизъм | |
| Това има по-висока ефективност при откриване на полиморфизъм от RFLP. | Това е по-малко ефективно в сравнение с AFLP. |
| Разходи | |
| Това е малко скъпо в сравнение с RFLP. | Това е по-евтино в сравнение с AFLP. |
| Приложения | |
| AFLP са приложени за картографиране на геноми, ДНК пръстови отпечатъци, изследвания за генетично разнообразие, тестване на бащинство и криминалистика | RFLP анализът е важен инструмент за картографиране на геноми, локализиране на гени за генетични нарушения, определяне на риска от заболяване и тестване на бащинството. |
Резюме - AFLP срещу RFLP
AFLP и RFLP са две техники, използвани като генетични маркери за оценка на разнообразието и оценка на генетичните взаимоотношения в молекулярната биология. AFLP служи като ефективен и чувствителен метод за откриване на генетичен полиморфизъм между организмите, отколкото RFLP. Въпреки това, въпреки че и двата метода имат различна ефективност при откриване на генетични вариации, те все още се използват за отпечатване на ДНК и диагностика на заболявания.
