Основната разлика между хроматофокусирането и изоелектричното фокусиране е, че хроматофокусирането е вид метод на колонна хроматография, който използва йонообменни смоли, докато изоелектричното фокусиране е вид електрофорезна техника, която използва имобилизирани гелове с градиент на рН.
Хроматофокусирането и изоелектричното фокусиране са две техники, които разделят протеините според техните изоелектрични точки. Както хроматофокусирането, така и изоелектричното фокусиране имат голяма разделителна способност. Хроматофокусирането е метод на колонна хроматография с висока разделителна способност, докато изоелектричното фокусиране е метод на електрофоретично разделяне. Освен това, хроматофокусирането не използва електрическо поле, докато изоелектричното фокусиране се нуждае от електрическо поле.
