Ключовата разлика между мотив и домейн е, че мотивът не е независимо стабилен, докато домейнът е независимо стабилен.
Протеините са важни биологични макромолекули, присъстващи в нашето тяло. От друга страна, генетичният код на гена ще реши аминокиселинната последователност на протеина. Освен това протеините имат първична, вторична и третична структура. Първичната структура е аминокиселинната последователност на полипептидната верига. Когато полипептидните вериги се сгъват помежду си, той формира вторичната структура на протеина. Алфа спирали, бета листове и супер-вторични структури принадлежат към вторичните структури. Определени групи от супер-вторични елементи са известни като протеинови мотиви. Третичната структура на протеина се отнася до неговата триизмерна структура, която решава функцията на протеина. Домейнът е сгънат участък от протеинова молекула, който е кълбовиден и има дискретна функция. Това е основната функционална и триизмерна структура на протеина.
