Ключовата разлика между шаперони и шаперонини е, че шапероните изпълняват широк набор от функции, включително сгъване и разграждане на протеина, подпомагане на сглобяването на протеини и т.н.
Молекулярните шаперони или шаперони са протеинови молекули, които помагат в процеса на сгъване на протеини в сложни структури. Следователно шаперонините са вид шаперон, който включва протеини от топлинен шок. От всички видове шаперони, шаперонините са най-широко изследваните протеини поради важната роля, която играят по време на правилното сгъване на протеини. Следователно действието на шаперони и шаперонини предотвратява необратимото агрегиране на протеини и по този начин дава възможност за тяхната функционалност. Шапероните и шаперонините се различават в зависимост от функционалността на двете молекули.
