Ключовата разлика между директната и индиректната имунофлуоресценция е, че директната имунофлуоресценция използва единично антитяло, което работи срещу интересуващата мишена, докато индиректната имунофлуоресценция използва две антитела, за да маркира целевата цел.
Имунофлуоресценцията или клетъчното изобразяване е техника, която се използва за маркиране на специфичен целеви антиген с флуорофор. Тук флуорофорът е флуоресцентно химично съединение, което може да излъчва светлина при светлинно възбуждане. Когато флуорофорът се свързва с прицелния антиген, това позволява откриването на целевата молекула в пробата. За да се опише по-нататък, когато антиген се свързва със специфично антитяло, той може да бъде конюгиран с флуорофори. Следователно е лесно да се открие присъствието на целевия антиген в пробата, когато се наблюдава под флуоресцентен микроскоп.
Освен това има два вида имунофлуоресценция; директна и индиректна имунофлуоресценция. Разликата между директната и индиректната имунофлуоресценция се състои главно в броя на използваните антитела и флуорофорната конюгация. Тоест, при директна имунофлуоресценция, флуорофорът директно конюгира с първичното антитяло, докато при индиректната имунофлуоресценция, флуорофорният конюгат с вторичното антитяло.
