Ключовата разлика между GFP и EGFP е, че GFP е протеин от див тип, включен в молекулярното клониране на клетки, които не са бозайници, докато EGFP е подобрен или конструиран тип GFP, който може да се използва върху клетки на бозайници.
Молекулярното клониране е усъвършенствана техника, която учените изключително много използват при експресиране на протеини чрез рекомбинантна технология. При рекомбинантната ДНК технология е необходимо рекомбинантният вектор да се трансформира успешно в организма гостоприемник. Следователно, по време на процеса на трансформация, трябва да се идентифицира и потвърди дали гена, който представлява интерес, е трансформиран или не към гостоприемника. За да преценят това, молекулярните биолози възприемат няколко техники. От тези техники един е репортерният ген. Тези репортерни гени действат като избираеми маркери за избор на правилните трансформанти. По този начин, зеленият флуоресцентен протеин (GFP) и подобреният зелен флуоресцентен протеин (EGFP) са два репортерни протеина, използвани при молекулярно клониране.
