Ключовата разлика между прокариотния и еукариотния геном е, че прокариотният геном присъства в цитоплазмата, докато еукариотният геном се задържа в ядрото.
Геномът се отнася до цялата колекция от ДНК на организма. С други думи, геномът е генетичният материал на организма, който съдържа общата генетична информация. По-голямата част от организма има геном, направен от ДНК. Някои геноми обаче са базирани на РНК. Като пример, някои вируси имат РНК геноми. Когато се разглежда общият генетичен материал на организма, той не включва само гените или кодиращите последователности. Той включва както гени, така и некодиращи последователности на ДНК.
Тъй като генетичната информация се намира в генома под формата на гени, гените се подлагат на транскрипция и транслация, за да произвеждат протеини. Има разлика между процесите на експресия на прокариотния и еукариотния геном. Освен това, съхранението и репликацията на двата генома също са различни при прокариотите и еукариотите. Но структурата на ДНК остава същата (Double Helix) и при двата организма. Основната разлика между прокариотния и еукариотния геном е в клетъчната организация на организмите и къде геномът се намира.
