Ключовата разлика между биореактора и ферментатора е видът на биохимичната реакция, която протича в затворените съдове. Биореакторът улеснява всички видове биохимични реакции, но ферментаторът улеснява само ферментацията.
Приложението на биотехнологиите в индустрията е интересна област на науката. Тези приложения варират от микробни приложения до животински. Освен това промишлените приложения на биотехнологиите варират в основните области като земеделие, медицина и различни индустрии. Биореакторите са затворени съдове, в които се създават необходимите условия за улесняване на различни видове биохимични реакции. Ферментаторите принадлежат към групата на биореакторите, но е специално да се извършва само ферментация.