Ключовата разлика между ефекта на основателя и генетичния дрейф е, че ефектът на основателя е събитие на генетичен дрейф, при което малка група се отделя от основната популация, за да установи колония, докато генетичният дрейф се отнася до случайните промени в честотите на алелите в малки популации, които причиняват изчезването на определени гени с времето.
Еволюцията е процес, който обяснява промяната на характеристиките в организмите през следващите поколения. Еволюцията разчита на естествения подбор и генетичния дрейф. Поради естествения подбор, благоприятните характеристики остават в популациите, докато неблагоприятните характеристики намаляват от популациите с течение на времето. По същия начин генетичният дрейф причинява случайни промени в честотите на алелите в малки популации, поради шанса на изчезване на определени гени поради смърт или избягване на репродукцията. Ефектът на основателя и ефектът на тесни места са две събития на генетичен дрейф.
