Ключовата разлика между антигена и патогена е, че антигенът е чуждо вещество, токсин или молекула, която може да стимулира имунен отговор, за да произведе антитела срещу него, докато патогенът е организъм, особено микроб, който заразява тялото ни и причинява заболявания.
Патогените са всякакви чужди организми, които причиняват болести в растенията гостоприемници и животните. Антигенът е молекула, разположена в клетъчната стена на бактериите или покритието на организмите. Антигенът кара имунната ни система да произвежда антитела срещу нея и да предпазва тялото ни от вредни чужди организми.
